FF6 戦闘システム

  前々作からあるアクティブタイムバトルシステム（ATB）も健在。そして今作からゲージが満タン（コマンド待ち）の状態で、他のキャラにコマンドの順番を廻すことが出来るようになった。 また今作では、「サイドアタック」や「挟み撃ち」と呼ばれる、一方の側が他方を包囲する形で戦闘に突入する状況が追加されている。「サイドアタック」は敵が、「挟み撃ち」は味方がそれぞれ包囲される側である。挟まれた側は背を向けた状態で通常攻撃を受けるとダメージが倍になる、挟む側は魔法などを味方全体にかけた場合の効果が片側の味方のみに限られるなどの特徴がある（ただし、全体に波及するものもある）。このシステムは次作『ファイナルファンタジーVII』にも引き継がれている。ただし、先制攻撃・サイドアタック時は隊列の後ろからターンが廻る（ゲージは全員満タン）、敵側の前後衛の設定がない、などは前後の作品では本作のみの仕様である。 状態異常については、従来の状態異常から「蛙」「小人」が無くなり、代わりに本作独自の「カッパー」が追加された。魔法は「カッパー」以外使えず、能力も低下するというものだが、この状態で真価を発揮する武器防具がある。その他、行動できなくなるが炎属性魔法で回復する「凍結」、物理攻撃を100%回避する「透明」が追加。また、「スリップ」のHPの減り方が「毒」の場合のそれと変わらなくなった。 キャラクターが「ひんし（瀕死）」状態（HPが少なくなり、キャラがしゃがんでいる状態。但し、ステータス異常によりしゃがんでいる場合は除く）の場合、「たたかう」コマンドを選択すると1/16の確率で「超必殺技」が発動する。これらの技は相手の防御・魔法防御力を無視する攻撃のため起死回生も狙える。ただし、ストラゴスとリルムのみダメージ技ではなく即死攻撃となっている。また、「たたかう」コマンドの無いガウと、常にバーサク状態のウーマロには無い。後の作品である『FFVII』の「リミット技」の前身。 戦闘中に全滅した場合は、従来のシリーズでは基本的にその場でゲームオーバーとなりタイトル画面に戻されるが、本作では最後にセーブした場所（正確にはセーブ画面を開いた場所）に戻される仕様になっている。その際にストーリー進行・アイテム・所持金などはセーブ時点のものに戻されるが、経験値とそれに伴うレベルだけは全滅した時点のままになる。魔石ボーナスもセーブ時点に戻る。